Fidèle à sa jurisprudence, le Conseil d’État s’est refusé à examiner la conformité de cet accord à la Constitution française. Il a également considéré que la ratification de cet accord ne relevait pas du domaine de la loi. Il a toutefois estimé que cet accord avec le Vatican ne constituait pas une application de la convention de Lisbonne du 11 avril 1997 sur la reconnaissance des qualifications. Contrairement à ce qu’affirmait le Gouvernement, cet accord ne s’inscrit donc pas dans le cadre des accords Erasmus.

En revanche, le Conseil a largementrestreint la portée de cet accord. La promesse du Président de la République d’accorder une « reconnaissance automatique » aux diplômes des établissements catholiques est en effet significativement vidée de son contenu.

Dans sa décision le Conseil d’État relève en effet que les stipulations de cet accord « n’autorisent pas les établissements d’enseignement supérieur privés à délivrer des diplômes nationaux et ne permettent pas aux bénéficiaires de titres délivrés par des établissements supérieurs privés ayant reçu une habilitation par le Saint-Siège de se prévaloir, de ce seul fait, des droits attachés à la possession d’un diplôme national ou d’un grade universitaire ».

Ainsi, la capacité de contrôle des aptitudes des postulants par les universités publiques est confirmée. La validation des diplômes obtenus et du contenu des enseignements reste donc de la seule compétence de l’Université publique. De plus, contrairement à ce que sous-entendait l’accord signé par le Gouvernement, les établissements privés français se voient dénier la possibilité d’utiliser le titre d’Université, qui reste le monopole de l’enseignement supérieur laïque.

Grâce à la vigilance des sénateurs socialistes et d’autres requérants , le Conseil d’Etat a donc fait obstacle à la reconnaissance automatique des diplômes délivrés sous l’autorité du Saint-Siège et à ce qu’un droit particulier soit conféré aux titulaires de « diplômes ecclésiastiques » à poursuivre des études dans un établissement de l’enseignement supérieur public français.